El Directorio, nombrado por la Asamblea de acuerdo a criterios establecidos en los Estatutos y Reglamento, está conformado por seis personas naturales. Expresa un carácter de pluralidad y de visiones complementarias para contribuir al fortalecimiento y gestión de FUNDESNAP, en el marco del mandato otorgado por la Asamblea. Se reúne en sesiones de trabajo (4 a 5 veces al año) de acuerdo a un cronograma establecido.